O Programa foi criado em 1971, com a denominação de “Pós-Graduação em Medicina Preventiva”, atendendo exclusivamente a médicos. A partir do ano 2000, o Programa passou por uma reformulação, tornou-se multiprofissional e passou a se chamar “Pós-Graduação em Saúde na Comunidade”, refletindo sua estreita ligação com a nascente Estratégia Saúde da Família.

Em 2018, o Programa amplia seu foco de atuação, em consonância com os Objetivos do Desenvolvimento Sustentável propostos pelas Nações Unidas, e passa a se chamar “Pós-Graduação em Saúde Pública”. Desde sua criação, possui vinculação com o Departamento de Medicina Social (DMS) da FMRP–USP.