El Programa fue creado en 1971, con la denominación de “Posgrado en Medicina Preventiva”, direccionado exclusivamente a médicos. A partir del año 2000, el Programa sufrió una reformulación, se convirtió en un Programa Multidisciplinar y pasó a ser denominado “Posgrado en Salud en la Comunidad”, reflejando su estrecha ligación con la naciente Estrategia Salud de la Familia.

En 2018, el Programa amplió su foco de atención, en consonancia con los Objetivos de Desarrollo Sostenible propuestos por las Naciones Unidas, y pasó a ser denominado “Posgrado en Salud Pública”. Desde su creación, posee vinculación  con el Departamento de Medicina Social (DMS) de la FMRP-USP.